Het werk van OPTA raakt aan het werk van een aantal andere nationale instanties. Dat vraagt om afstemming over bijvoorbeeld bevoegdheden, een gezamenlijke aanpak of inhoud. Om deze afstemming zo effectief mogelijk te maken, heeft OPTA met de volgende partijen een samenwerkingsprotocol:
- NMa: Waar ligt de grens tussen algemeen en sectorspecifiek mededingingstoezicht? Naast een het samenwerkingsprotocol zijn met de NMa werkafspraken gemaakt over samenwerking bij respectievelijk marktanalyses en concentratiecontrole
ConcentratiecontroleDe beoordeling van voorgenomen fusies door de NMa. . - Consumentenautoriteit: Samenwerking op het gebied van consumentenbescherming; vooral op oneerlijke handelspraktijken, de bestrijding van spam en de aanpak van ongewenste telemarketing.
- Agentschap Telecom: Afstemming over frequenties en werkafspraken over het handhaven van de aftapverplichting die alle netwerkaanbieders hebben.
- Commissariaat voor de Media: Afstemming over omroepzaken.
- College Bescherming Persoonsgegevens: Hoe verhouden de algemene privacyregels in Nederland zich tot de diverse taken die OPTA vanuit de Telecommunicatiewet heeft op het gebied van privacy?
- Openbaar Ministerie: Samenwerking op het gebied van internetveiligheid.
- Nationale Recherche (Team High Tech Crime): uitwisseling van informatie en expertise op het gebied van de bestrijding van malware.
- Infofilter: Samenwerking met het Bel-me-niet Register om de regels rond telemarketing te kunnen handhaven.
De belangrijkste gesprekspartner van OPTA is het Ministerie van Economische zaken, Landbouw en Innovatie (EL&I). De minister is verantwoordelijk voor de goedkeuring van de begroting en het jaarverslag, zoals staat voorgeschreven in de OPTA-wet . Daarnaast bespreekt OPTA met EL&I zaken als beleidsvoorbereiding, bijzonderheden rond de uitvoering van beleid (onder andere via zogeheten uitvoeringstoetsen), inhoudelijke dossiers of zaken die op de internationale agenda staan.
Om de samenwerking met EL&I te structureren is, naast de wettelijke basis vanuit de OPTA-wet, een zogeheten informatiestatuut opgesteld. Bovendien specificeert een gedragscode een aantal werkafspraken.